Landschaftsprogramm (LaPro) und Flächennutzungsplan (FNP) sind aufeinander bezogen und ergänzen sich. Das LaPro ist die wesentliche ökologische Bezugsbasis des FNP und ergänzt die vorbereitende Bauleitplanung um qualitative Ziele und Grundsätze des Naturschutzes und der Landschaftsplanung. Zusammen sind LaPro und FNP das Fundament der Stadtentwicklung in Berlin.
Das LaPro führt grundlegende fachliche Inhalte des Naturschutzes und der Landschaftsplanung zusammen und stellt diese dem Diskussions- und Abwägungsprozess der gesamträumlichen Planung zur Verfügung.
Teilbereichsänderungen des FNP haben zur Folge, dass derselbe Teilbereich auf Änderungsbedarf im LaPro geprüft wird. Sofern das Erfordernis der Aktualisierung festgestellt ist, werden die Entwicklungsziele und Maßnahmen auf die neuen Aussagen des FNP ausgerichtet geändert.
Unabhängig von dieser formalen Aktualisierung bei einzelnen Änderungen stimmen sich Landschafts- und Bauleitplanung kontinuierlich inhaltlich ab. Diese enge Verzahnung verhindert Widersprüche zwischen LaPro und FNP. Gleichwohl zeigt das LaPro zu erwartende Nutzungskonflikte im Hinblick auf Natur und Landschaft auf. Es gibt aber nicht alle Aussagen des FNP wieder. Beispielsweise verzichtet es darauf, übergeordnete Hauptverkehrsstraßen darzustellen.